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很多刚接触高通量测序数据分析文章的学生，感觉图表丰富多样高大上，但根本看不懂，更谈何对文章的全面理解。

本系列文章以数据分析中常用的8种图为例，包括：箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、维恩图、三元图和网络图等。通过结合具体实例来详细讲解，定能让你对此类文章理解更顺畅，读起来顺风顺水。

宏基因组学目前的主要研究方法包括：微生物培养组学、16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组和宏代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。本系列文章将结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。由于方法原理相同，对其它类型测序数据结果的理解同样有帮助。

学习思路 1. 罗列知识点，熟悉专业名词，弄个脸熟，即使理解不深刻起码在阅读中不会有抵触情绪； 2. 结合具体文章读图，实战两三次，基本就是专业人士了。

这是本系列的第一季，接下来还会发布第二季，包括柱状图、拆线图、饼形图、树形图、圈图、气泡图、Mapping密度分布图等。

声明：文章的解读仅代表个人理解和观点，有不足处，请读者积极留言批评指正，互相学习，共同进步。

注：文为蓝色字均为文章链接，可点击直达

箱线图主要用于展示组间的数据分布比较，如基因、OTU、多样性等。本节主要学习箱线图绘制方法，箱体中所有点线的含义，同时以微生物Alpha多样性指数为例进行讲解。

利用平面展示所有基因或样品，将复杂的关系具体化为坐标点，发现事物的主要矛盾。学习降维的思想，将大数据表转换样品低维的坐标，用距离来表示样品或组间差异。包括限制性CCA/CPCoA和非限制性主坐标轴分析PCA/PCoA的结果解读。 非限制性PCoA，展示样品间最大差异 限制性PCoA，也叫CCA，展示组间间最大差异

热图用于大数据表数据和关系的可视化展示，方便人快速阅读和发现规律。主要学习热图的基本知识、数据转换、常用工具、绘图教程，以及应用。包手基于表达或丰度数据计算样品间的相关系数，并采用热图展示及聚类；组间差异比较的基因或OTU用热图呈现。 热图展示所有样品相对丰度Pearson相关系数

展示差异基因/OTU的方法，Z-score水平标准化

曼哈顿图在GWAS研究中比较常用。主要介绍曼哈顿图的由来、优缺点、应用范围等。举实例讲解展示差异OTU所在的门、丰度、上下调关系；是我最推荐的展示差异OTU的方法。

介绍火山图的概念、主要展示类型、基本元素、绘制方法。看图实战展示差异基因/OTU变化数量和规律。 火山图展示差异OTU数量及变化规律

介绍韦恩图的概念、绘制方法。看图实战展示组间共有和特有基因/OTU。 Venn图展示多组间共有和特有OTU/基因/分类单元

三元图的基本概念、传统应用、快速读法、基本规律、图中细节、优缺点、绘制工具等。 展示组特异或共有富集的OTU、丰度、数量等；美观大方，再怎么多用也不过分

网络图的制作工具、应用、实战，包括展示共丰度网络、多组间共有、特点的类韦恩图结果(但更高大上)。 微生物相关网络，主要用于查结点OTU，定义相关性较高的子网络模块。

更多网络图绘制，详见 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet

新出炉的Cytoscape**** Cytoscape之操作界面介绍 酷炫的网略图怎么绘制 - Cytoscape教程（一）

优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环王等。

扩增子系列课程也分为三部曲：

第一部《扩增子图表解读》：就是本文中的内容，加速大家对同行文章的解读能力。

第二部《扩增子分析流程》：学习数据分析的基本思路和流程。

第三部《扩增子统计绘图》：即是对结果进行可视和统计检验，达到出版级的图表结果。

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韦恩图 Venn Diagram Venn Diagram，也称韦恩图、维恩图、文氏图，用于显示元素集合重叠区域的图示。韦图绘制工具 常用R语言的VennDiagram包绘制，输出PDF格式方便修改。此外还有非常多的在线工具，使用方便。详见 轻松绘制各种Venn图韦恩图在扩增子中用途 展示各样品和组间共有、各组特有的OTU；由于此类结果缺少...

作者: 刘永鑫 日期：2017-7-1 阅读时长：10min 背景介绍(Introduction) 宏基因组学 宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。 目的意义 本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。 主要内容 本系列...

欢迎点击「宏基因组」关注我们！专业干货每日推送！ 背景介绍(Introduction) 宏基因组学 宏基因组学目前的主要研究方法包括：微生物培养组学、16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组和宏代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。 目的意义 本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。 ...

热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形。通常还会结合行、列的聚类分析，以表达实验数据多方面的结果。 热图在生物学领域应用广泛，尤其在高通量测序的结果展示中很流行，如样品-基因表达，样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现。热图优点因为人读数字需要思考和比较，而对颜色识别能力非常强，采用颜色的深浅代替数据表是非常高效的呈现方式，也便于从中挖掘规律。&nbs...

作者: 刘永鑫 日期：2017-6-30 阅读时长：10min 背景介绍(Introduction) 宏基因组学 宏基因组学目前的主要研究方法包括：微生物培养组学、16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组和宏代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。 目的意义 本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想...

宏基因组 公众号 作者: 刘永鑫 日期：2017-6-29 阅读时长：10 min 背景介绍(Introduction) 宏基因组学 宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。 目的意义 本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基...

本网对Markdown排版支持较差，请跳转 宏基因组 公众号阅读； 写在前面 之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信关注过我的朋友大部分都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的最初是写本实验室的学生们学习的材料，加速大家对同行文章的解读能力。 《扩增子分析解读》系列文章介绍 扩增子分析是目前宏基因组研究中最常用的技术，由于微生物组受环境影响大，实验间重复较差，更需要更多...

扩增子常见问题01 实验室检测的DNA浓度很高，送到公司检测之后浓度却比较低呢？ 1、老师在实验室多采用Nanodrop对DNA浓度进行检测，而在公司我们会结合Qubit、Nanodrop、琼脂糖电泳三种方法检测DNA样品的质量； 2、由于不同检测方法的原理不同，所以检测出的结果也会存在一定的差异。其中，Nanodrop检测法是基于紫外分光光度原理进行检测，由于DNA样品中可能含有...

扩增子、宏基因组测序问题集锦 原文转自诺禾致源，点我阅读原文。作者整理的非常好，值得学习。但本人又结合自己经验进行了修改，并对每个问题例举了实例和添加自己的理解(个人经验部分)。 微生物，是地球上最古老的生命形式之一，它们虽然微小，却无处不在。随着高通量测序技术的发展，测序成本逐步降低，测序通量飞速提高，如今我们可以用更低的成本，对微生物进行更深入和更广泛的研究。在微生物群落多样性研究中，目前主要...

作者: 刘永鑫 日期：2017-7-1 阅读时长：10min 背景介绍(Introduction) 宏基因组学 宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。 目的意义 本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。 主要内容 本系列...